传统蒙医药学形成时期(13世纪初至16世纪末期)
13世纪初,成吉思汗统一大漠南北各部落,建立强大的蒙古帝国,蒙古族才真正地成为一个稳定发展的民族,蒙古社会也进入了新的历史发展阶段。此时蒙古族同其他任何医疗体系的早期阶段一样,此时的蒙医学尚未脱离巫术。占据统治地位的是萨满教,“萨满者,其幼稚宗教之教师也,兼幻人、解梦人、卜人星者、医师于一身。”如今蒙语中接生员为0dgan,即是由古代女巫的称谓 Iaga转变而来。随着蒙古族社会、经济、文化的全面发展,蒙医传统疗术、饮食疗法及临证用药等诸方面在原有的基础上也得到了进一步的发展与提高,并且有了以寒热理论为主的基础理论雏形,标志着具有独特临床经验的古代传统蒙医药学的形成。
医疗实践迫切需要理论的指导，而长期积累的经验也孕育着理论的雏形。在蒙古族社会意识形态中带有自发的辩证法和唯物论性质的事物日益增多，如在13世纪或更早的蒙古族社会意识形态和思维方式里，初步形成了任何事物均有相互对立统一的两个方面的观念，从而日益完备了自然形成的辩证法哲学观。古代蒙古人认为日月、火水、天地、父母、热寒、昼夜均是事物相互对立的两个方面，并且它们彼此之间都有密切联系。这些哲学观，对当时的以寒热理论为指导的蒙古传统医药的发展创造了相当有利的条件。同时，因佛教的传入， “四大元素”学说——古代朴素唯物主义哲学思想促进了蒙医药理论的发展。寒热理论是将各种疾病的本质属性分为寒热两种，用“寒者热之”“热者寒之”的基本理念，把药物、外治、饮食等治疗方法也相应地分为寒热两大范畴，形成了以寒治热，以热治寒的理论性概念。这种寒热对立统一理论在实践中不断完善和发展，成为指导古代蒙医药临床实践的总纲。寒热理论不仅是传统蒙医临床诊疗的理论基础，同时也是蒙药的理论指导。把蒙药按性质分为寒性和热性两种，形成了蒙药理论的最初形态。随着中医学、阿输吠陀医学、阿拉伯医学以及藏医学的传入，在药学领域里开始吸收了“五元”学说，对蒙药理论的发展起到促进作用。在此寒热理论的基础上逐步发展成“六味、八性、十七能”为核心概念的比较完整系统尚未蒙药理论。随着药物交易的发展以及外域药物的大量进入，药品的种类增多，大大地丰富了蒙药学的内容。
1330年,元代蒙古族营养学家忽思慧编著《饮膳正要》, 继承前代本草学之食疗成就，并汲取蒙古族民间日常经验，阐述各种药膳的性味与滋补作用，尤以牛羊肉及乳制品为主，不仅突出了蒙医饮食疗法的特点，而且也反映了当时蒙古族药用动植物的认识水平。旱獭是蒙古草原上常见的一种动物，蒙古语称为“塔喇不花”。蒙医很早就把旱獭肉、骨、尿脬等当作药物使用。《饮膳正要》载：“塔喇不花，味甘无毒。主野鸡瘘疮，煮食宜人。北方人掘取以食，虽肥，煮则无油，汤无味，多食难克化，微动气。”书中也介绍了其捕捉方法。《饮膳正要》对蒙古地区常见的动物及衍生药材也有所阐述。如绵羊的头、肉、肾、心、胆和马、驴、骆驼等牲畜；狐、狼、虎、豹、熊、獾等野兽；鹿、野马、野骆驼、野猪等草食动物的所有药用部分的性味和功能等。
14世纪时，蒙医已能够制作膏剂。沙棘具有止咳化痰的功效，《饮膳正要》称之为“赤赤哈纳”（ “沙棘” 的蒙古语名称音译），并释曰：“用银或石器熬成膏”。这不仅能够说明蒙医很早就会制作膏剂，而且已有了专用银器、石器和很精细的制作方法。
浴疗是蒙医传统外治疗法之一。蒙古族的先民很早就发现了天然温泉神奇的医疗作用，称之为“阿尔山”，意为“圣水甘露”，并利用其治疗各种外伤、风湿以及消化道疾患，后来发明了“人工药浴”。根据史料记载，蒙古人在13世纪时就应用药浴。《鲁布鲁克东方行记》载：蒙哥可汗的胡图克泰皇后患病时，服用大黄汤药并施以大黄药浴的外治疗法。“合答(或胡图克泰)皇后患病，将大黄切碎，几乎成为粉……放进水里……喝了一些圣水和大黄，并用这种水濡湿了她的胸部”。
元代是国内各民族文化交往和中西文化交流史上占有重要地位。不仅国内各兄弟民族医药交流活跃，而且还有东南亚、阿拉伯和欧洲等外来医药的传入，开办医院，行医卖药，尤其医疗机构和管理法规逐步健全。大都和上都设置有“回回药物院”。随着药物交易的扩大，外域药物大量输入，当时的蒙古族医生辨认和使用各种药物，客观上也增加了蒙药材的品种。
