近代蒙医学理论系统化时期
[16世纪末至20世纪中期]
16世纪末，随着蒙古族经济社会文化的发展, 特别是佛教的广泛传播，古印度医学和藏医学著作也传入蒙古地区，并陆续翻译成蒙古文。其中《医经八支》、《八支注释》、《医理精华》《月光明经》等古印度医学经典和《四部医典》等藏医学著作对蒙医药理论体系的构建影响甚大。《医经八支》是阿输吠陀(AyurVeda)医学经典著作，约在公元1—2世纪成书，作者马鸣，后收入《丹珠尔》经中。其理论指导是：“赫依、希拉、巴达干”三根(或元)学说、七素学说、三秽学说以及印度古代朴素的唯物主义哲学——土、水、火、风、空“五大元素”学说。藏医学经典著作《四部医典》的作者是宇陀·元丹贡布(708～833年)，约成书于8世纪。该书在藏族传统医药的基础上吸收古印度医学理论、经验以及汉族中医、北方民族医药一些理论和经验而编写的经典著作。《四部医典》对蒙医学的理论化、系统化方面产生极大的影响。许多蒙医学家在实践中学习、研究、注释《四部医典》，并结合自己的临床实践和经验，撰写有关著作。如喀尔喀蒙古医学家罗布桑丹金扎拉仓著的《医学本续诠释明灯》等。《四部医典》在蒙古地区流传之后，《兰塔布》、《蓝琉璃》等藏医著作也相继被译成蒙文，以木刻版本或手抄本流传，影响了蒙医药的发展。
同时，在蒙古地区建立的较大规模的佛教寺院中设置专门研习医学知识机构——“曼巴札仓”，培养了大批蒙医药人才，其中不乏精通“五明”、著作等身的蒙医药学家。伊喜巴拉珠尔、占布拉道尔吉就是其中的杰出代表。他们结合蒙古地区的实际，在传统蒙医药理论与经验的基础上吸收古印度医学和藏医学的理论精华，著书立说，构建了蒙医药理论体系，标志着近代蒙医药学的形成。《认药白晶鉴》《识药学》《蒙药正典》被誉为蒙药学三部经典著作。
这一时期出版印行的蒙药及其方剂学方面的重要文献，还有罗布桑丹金扎拉仓（1639～1704）著的《二十五味方剂集》；罗布桑苏勒和木著的《巴萨木油剂制法》；官布扎布(1680？～1750？)著的《诸药必备》《番汉药名》；吉格木德丹金扎木苏著的《观者之喜》；伊希丹金旺吉拉著的《珊瑚药方》；等等。经过长期发展，蒙药材种类不断丰富，采集、加工、炮制、贮藏、制剂技术自成体系，临床用药独具特色，逐步形成了具有鲜明民族特点和地域特点的近代蒙药学，为保障人民健康发挥了重要作用。
