巴彦淖尔市蒙医医院（巴彦淖尔市蒙医药研究所）始建于1961年，是巴彦淖尔市蒙医药适宜技术推广临床培训基地，巴彦淖尔市蒙医助理全科医师临床实践培训基地、内蒙古民族大学实践教学基地、内蒙古自治区人民医院联盟医院、北京中医药大学东方医院协作医院、内蒙古自治区国际蒙医医院协作医院、通辽市蒙医整骨医院协作医院、河套学院实习实训基地，现已发展成为集医疗、康复、预防、保健、科研、教学、养生、制剂于一体，具有鲜明蒙医药特色的蒙医综合医院，医院现址占地面积21亩，业务用房面积8206平米，其中制剂室面积1014平米，在职职工140人，编制床位310张，实际开放100张。2021年上半年：医院业务收入较2020年上半年增长了35%，近年来收入结构持续优化，药占比逐年下降，尤其是西药占比已降至不足9%，蒙药24%，医疗收入占比达67%。巴彦淖尔市蒙医医院以蒙医药为特色，开展针对心脑血管、肺病、糖尿病、布病、肝胆脾胃病、肛肠病、皮肤病、骨病、颈肩腰腿痛病等疾病开展综合治疗。
临床科室有：整骨康复科、蒙医内科、传统内疗科等一级临床科室3个，肝胆脾胃科、老年病科、糖尿病科、心病科、肺病科、肿瘤科、心身医学科、风湿骨病科、五疗科、治未病科、妇科等二级临床科室11个。有3个名医工作室及1个专家综合门诊，并设有甲状腺病科、皮肤科、肛肠科等特色门诊科室。有检验科、超声影像科、心电图室、胃肠镜室、药剂科、蒙药制剂中心等医药技科室。
主要开展的蒙医特色疗法有蒙医整骨、康复、五疗、五味甘露药浴、火疗、蜡疗、茶疗、沙疗、放血、拔罐、针刺、震脑术等传统疗术及蒙医心身互动疗法，在诊治老年病、心病、肺病、萨病、巴木病、肝胆脾胃病、肿瘤病、风湿骨病、甲状腺病、皮肤病、妇科病、肛肠病等常见病多发病方面具有良好的效果，深受人民群众喜爱，蒙医传统疗法日益被广大群众所接受。
巴彦淖尔市蒙医医院以特色蒙医药为主要发展方向，发挥蒙医药“简、便、验、廉、效”的优势，以“特色立院、科教兴院”为办院宗旨，以优质的服务，精湛的技术，为人民群众健康保驾护航，为党的人民健康事业做出自己的贡献。
