阿拉善盟蒙医医院成立于1999年，由原阿拉善盟蒙医药研究所和阿拉善左旗蒙医院合并而成。是我盟唯一一所以蒙医药为主、蒙西医结合，集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的三级甲等民族医医院，也是全盟蒙医药事业发展的龙头和蒙医药人才培养的重要基地。
医院占地面积31000平方米，建筑面积30586.42平方米。编制床位300张，设有17个蒙医临床科室、5个病区、10个医技科室和20个职能科室。现有在岗职工297人，其中，卫生专业技术人员229人，占总人数77%，其他专业技术人员及行政后勤人员共68人。目前拥有高中端医疗设备236台，包括螺旋CT、DR、四维彩超等大型医疗设备，逐步完善了医院的硬件设施。主要开展对糖尿病、协日乌素病、儿科、胃肠道等消化系统、心脑血管等疾病的蒙医专科特色治疗，利用现代诊疗设备与传统疗法相结合开展普外、骨外、妇产等中小型手术。
医院现采用“统一规划、分步实施”的信息化管理模式，新建综合大楼建成投入使用后，建立HIS系统、LIS系统、PACS系统、电子病历系统为主导的现代数字化中心机房，完善病人诊疗、收费、取药、结算、一卡通、电子病历、处方、护士电子病历、远程会诊、远程教育、网络监控等，建成了全院网络化服务模式，逐步实施信息化管理系统。
近年来，医院的蒙医特色专科优势明显，同等领域中水平突出，先后被确定为国家级或自治区级重点专科。
蒙医内分泌科在应用蒙西医结合治疗1型糖尿病、2型糖尿病及糖尿病性肾病、糖尿病性酮症酸中毒、甲状腺功能亢进、甲状腺功能减低等疾病方面具有丰富的临床经验。优势病种为糖尿病、高血压、冠心病，泌尿系统疾病等常见病种，肿瘤疾病的护理研究是专科的另一大亮点。专科现有蒙医五疗，盐热敷疗法，蒙药浴足疗法，热油疗法，英根苏疗法，蒙药贴敷疗法，蒙药熏疗法，针刺放血疗法，耳穴压豆疗法等传统特色疗法。科室于2012年被列入国家中医药管理局“十二五”重点专科建设项目，2017年被确定为内蒙古自治区医疗卫生领先学科。是一支技术实力雄厚、人才梯队搭配合理、集医疗、教学、科研为一体的蒙医特色临床科室，也是阿拉善地区最大的蒙西医结合诊疗糖尿病重点专科（学科）。
蒙医治未病科2019年被确定为内蒙古自治区第二批蒙医特色优势重点专科，2022年被确定为内蒙古自治区蒙医临床重点专科。是阿拉善盟首家以蒙医基础理论为指导，运用各种蒙医特色干预方法来达到未病先防、既病防变、愈后防复的新型科室。专科以治未病理念为核心，针对个体人员健康状态，运用蒙医药保健技术和疗法，结合现代健康管理手段和方法，管理个体人健康状态风险，实现“不得病，少得病，晚得病，不复发”的健康目标，达到预防疾病。专科服务特点以人的健康状态的辨识、评估和干预为主，突出非药物治疗方法的运用，注重整体调节，求得整体效果，并充分发挥服务对象的参与意识与能力，求得长远发展，更好的为人类健康服务。
蒙医五疗科主要运用和发挥蒙医“五疗”特色治疗与预防保健优势，以蒙医基础理论为指导，采用传统蒙医外治疗法，结合临床实践与既往经验，通过治疗及健康宣教，达到预防疾病和健康长寿。科室于2016年被确定为自治区卫生健康委蒙医特色优势重点专科，2018年被确定为内蒙古自治区蒙医中医临床重点专科。专科秉承以病人为中心，以质量为核心的服务理念，大力发展蒙医特色疗法。
蒙医骨伤科于2018年被确定为阿拉善盟医疗卫生重点学科，2022年被确定为内蒙古自治区第三批蒙医特色优势重点专科，是我院蒙西医结合诊治骨伤疾病的特色优势科室。科室擅长用蒙西医相结合的方法治疗各类骨伤科和普外科疾病，率先开展了经皮激光椎间盘汽化减压、臭氧胶原酶融解，射频消融等微创手术，给广大颈椎间盘突出，腰椎间盘突出及各类疼痛性疾病的患者，提供了最先进的诊疗技术，取得了良好的临床效果，在广大患者群中树立了良好的口碑。
蒙医儿科主要运用蒙医药治疗儿科常见病和多发病，尤其在治疗手足口病、腮腺炎、小儿食热症、小儿肺热、小儿腹泻等方面具有独特优势，并开展相关的研究工作。科室于2016年被确定为阿拉善盟蒙医中医重点专科。在内蒙古自治区名老蒙医、硕士生导师阿拉嘎主任医师的带领下，科室逐步发展成为一支技术实力雄厚、人才梯队搭配合理、集医疗、教学、科研为一体的蒙医特色临床科室。
蒙医妇科于2018年被确定为阿拉善盟医疗卫生重点学科，是一支业务能力强、人才梯队合理的重点学科。科室坚持发挥和运用蒙医特色优势，紧跟现代医学技术，在内外兼治的基础上结合西医的诊疗手段，使得临床疗效显著提高。目前可开展的服务项目包括妇科及产科方面的各类医疗服务，运用宫腔镜、腹腔镜开展妇科及产科方面的各类微创手术。并提供孕前、婚前保健、孕产妇系统管理、新生儿疾病筛查等相关服务。
蒙药制剂学重点实验室2018年被确定为阿拉善盟医疗卫生重点实验室。自实验室建设以来，始终坚持以服务临床、服务患者为宗旨，以提高能力、促进业务为目的，不断加强重点实验室的建设。实验室总面积为4807㎡，净化等级级别为D级，部分区域达到A级，现有制剂配制加工设备386万元，检验设备220万元。配有先进的制剂配制及检验设施、设备，机构紧凑、布局合理、功能具全。并有完整的配制管理、质量管理等组织机构，有严格的管理制度及岗位职责，使实验室管理工作科学化、规范化、标准化。目前配制丸剂、散剂、汤剂、煎膏剂4个剂型，累计备案39个品种，均用于临床使用。年生产加工蒙成药约2000公斤，销售金额约200万元。
蒙医药文化有着悠久的历史和深厚的底蕴，它是千百年来蒙古民族认识生命、维护健康、防治疾病的思想基础和方法体系。为增强蒙医药文化底蕴，营造蒙医药文化氛围，使广大群众和医院职工了解蒙医药的起源和发展历程，更好地传承和发扬蒙医药优秀文化，医院以宣传、推广蒙医药知识为重点，大力加强建设蒙医药文化宣传教育基地。医院门诊走廊内设有伊希巴拉珠尔、占布拉道尔吉等7位蒙医鼻祖画像，各候诊区和病区走廊内悬挂着各类蒙医药知识宣传图，充分彰显蒙医药文化。建设在住院部大楼顶层的蒙医药文化展览馆，采用传统蒙古族建筑元素，以蒙古包为原型，建筑面积约300平方米，生动的展现了阿拉善蒙医药300年来的历史、文化、历代名医、特色疗法和科研成果等内容。2018年，医院被内蒙古自治区卫生健康委确定为内蒙古自治区蒙医药文化宣传教育基地。
人才是第一资源，医院不断加大人才培养和储备力度，依托“走出去”和“引进来”的双向政策，与国内外多家医疗机构展开合作计划，打造了一支以名老蒙医为基础、以青年医者为中流砥柱的水平较高、结构合理、充满活力、载誉无数的人才队伍。目前医院拥有自治区级名老蒙医2人；自治区级名老蒙医指导老师6人；名老蒙医学术继承人24人；硕士研究生5人，硕士生导师5人。全国“五一”劳动奖章获得者1人，全国“五一巾帼标兵”奖章获得者1人，全国科协九大代表1人，内蒙古自治区“五一”劳动奖章获得者2人，内蒙古自治区“五一巾帼标兵”奖章获得者1人，自治区级科技先进工作者1人，“新世纪321人才工程”1人，内蒙古自治区青年创新人才—“草原英才”工程后备人才1人，阿拉善盟“五一劳动奖章”获得者2人，阿拉善英才2人、盟级科技先进工作者4人、盟科协学会先进工作者2人。科研成果叠出，先后承担各级各类科研项目40余项，发表学术论文300余篇，荣获各级各类科技论文奖100余项，取得专利5项，获得各类科研奖20余项，其中，儿科蒙药“爱克泻”荣获国际传统医学金奖等多项大奖，获国家新药“准字号”，“蒙医银帽针治疗技术研究”分别获得国家和自治区级科技创新奖，由我院内儿科病区主任阿拉嘎牵头完成的科研项目“蒙医治疗手足口病临床研究”荣获全国民族医药科学技术二等奖、项目“蒙西医结合内科诊疗常规”荣获全国民族医药科学技术三等奖，该奖项是我国民族医药领域最高级别奖项，为我院在民族医药研究领域赢得了国内外民族医药同行的高度评价与认可。医院还出版了专著29部，其中历时6年编写完成的《阿拉善药用植物彩色图谱》已于2017年正式出版，该书是首部反应阿拉善盟药用植物资源的专著，填补了阿拉善地区药用植物资源无完整资料及彩色图谱的空白，同时对发展沙草产业、促进区域经济发展、抢救和保护珍稀濒危植物提供了可贵的科学依据。
在积极推进城市公立医院综合改革的进程中，医院与蒙古国国立医科大学、南戈壁省赫希拉布布斯诊疗中心签订合作意向书，加强蒙医药的国际交流与合作；与内蒙古国际蒙医医院、内蒙古自治区人民医院和银川市第一人民医院等区内外大型医院开展医疗联合体协作交流，从医疗业务发展、科研领域合作、完善双向转诊等方面入手，实现医联体内优势互补、相互协作；并建立了以我院为牵头单位，34所盟内医疗机构为成员单位的阿拉善盟蒙医医院医疗集团，推动盟内蒙医医疗机构进入到一个崭新的互助发展阶段；同时，医院与内蒙古医科大学、内蒙古民族大学等院校建立协作关系，依托大学的人才、科研、教学优势，在教学培训、学术交流、学科建设等方面加强自身建设，进一步提升医疗卫生保障能力。
旭日点亮往复的白昼，明月托起不息的年轮！时代赋予了阿拉善蒙医人守护生命健康的神圣使命，各级领导和社会各界寄予了阿拉善蒙医人对蒙医药事业承前启后、继往开来的殷切希望。载誉前行，面对医疗卫生体制改革的新挑战，面对全民社会保障体系建立的新机遇，面对人民群众日益增长的健康需求。我们将不懈努力，开拓创新，沿着习近平新时代中国特色社会主义思想和党的二十大精神指引的正确方向，努力把阿拉善盟蒙医医院建设成为蒙医药文化特色鲜明、传统与现代有效融合、蒙医药诊疗服务功能完善、管理科学规范、人民群众信任的现代化三级民族医特色医院。挥舞画笔，阔步前行，再次描绘阿拉善盟蒙医医院新一轮大发展的壮美画卷。
